Rzeźba Estonii to charakterystyczne polodowcowe moreny, drumliny, ozy i jeziora. Klimat jest raczej umiarkowany, przejściowy między morskim i kontynentalnym. W najchłodniejszym miesiącu roku – lutym na wschodzie kraju średnia temperatura to –6°C, na zachodnich wyspach natomiast tremometry wskazują około –2°C. Najcieplej jest w lipcu, wtedy temperatura waha się miedzy 16-17°C. Suma roczna opadów wynosi 600-700 mm.
Południowa części Estonii ma gęsta sieć rzeczna. Główne rzeki to Narwa, Ema, Parnawa. Estonia to także ponad 1000 jezior (ok. 5% powierzchni kraju), największe przygraniczne Pejpus. Kraj położony jest w strefie lasów mieszanych. Gleby są raczej ubogie, piaszczyste, porośnięty sosnowymi borami. Bardziej żyzne tereny zajmują lasy świerkowe, niekiedy również dębowe. Lesistość to ok. 18% powierzchni kraju, torfowiska i tereny podmokłe zajmują 20%.