W IX wieku Estonia znalazła się pod silnym wpływem Finlandii. Początkowo była atakowana przez wikingów i książąt z Rusi Kijowskiej. Od XII-XIII wieku rozpoczęły się najazdy Niemców, prowadzono zbrojne misje (m.in. Zakon kawalerów mieczowych i Krzyżacy). Większość kraju znalazła się pod władzą biskupa Ozylii, Dorpatu oraz zakonu krzyżackiego. Wprowadzona władze wzorowaną na niemieckiej (m.in. system lenny, rządząca warstwa panów feudalnych). W XIII wieku teren współczesnej Estonii i Łotwy nosił nazwę "Inflanty". Jednak widoczny podział na ludność niemiecką i estońską, sprawił że tożsamość narodowa przetrwała.
Hegemonia Krzyżaków w Inflantach trwała do XIV wieku. Po wojnie z Polską i Litwą pozycja Zakon znacznie osłabła. Kraj został bardzo wyniszczony przez wojnę z cerem Iwanem IV Groźnym w latach 1558-1570. Wówczas Inflanty weszły skąd Korony.12 marca 1600 Król Polski Zygmunt III Waza wcielił część Estonii do Polski. Inflanty jednak ciągle pozostawały w zainteresowaniu Szwedów. W 1645 roku po długotrwałej wojnie, zjednoczyli całą Estonię pod swym panowaniem. Dokonano wielu reform, m.in. zniesiono własność feudalną oraz zmniejszono zależność i obciążenia chłopów. Doprowadziło to rozbudzenia się narodowej świadomości.
Po wojnie północnej (1700-1721) Estonia znalazła się pod panowanie Rosji. Car Piotr I Wielki wycofał wszelkie szwedzkie ustalenia. Przywileje zyskała niemiecka części ludności, czym zyskał ich znaczne poparcie. W 1816 car Aleksander I zlikwidował poddaństwo chłopów. W latach 30. XIX w. nastąpił rozwój nowoczesnego rolnictwa i przemysłu. Sprzyjało to tworzeniu się nowoczesnego narodu estońskiego.
24 lutego 1918 Estonia ogłosiła niepodległość. Był to także początek wojny estońsko-bolszewickiej. W 1919 roku wojska dowodzone przez Johana Laidonera wyparły bolszewików z terytorium Estonii. 2 lutego 1920 władze rosyjskie uznały niepodległość Estonii.
W czerwcu 1940 Estonia została opanowana przez ZSRR. Powstała wówczas Estońska SRR. W 1991 roku wspólnie z innymi republikami ZSRR uwolniła się od radzieckiego wpływu. Aktualnie Estonia należy do Unii Europejskiej i NATO.